Alerte Israël

Le 24 juin, RTL titrait :

 

 

Bon, évidemment, l'analyse statistique de la pandémie ne se fait pas comme ça, bien des variables doivent être considérées et n'en sélectionner que quelques unes pour convaincre se fait dans du côté des gouvernements, des anti-vaccins, des lobbyistes des compagnies pharmaceutiques et tous les gérants d'estrade.

Alors simplifions la situation en la réduisant à deux variables, soit le fait d'être vacciné ou pas, le fait d'être infecté ou pas.  Considérons Israël, puisque la nouvelle met le focus sur ce pays et que ce pays nous facilite l'analyse puisque toute sa population vaccinée a reçu le vaccin Pfizer-BioNTech.

Selon Santé Canada, l'efficacité du vaccin Pfizer-BioNTech est de 94%, avec une marge d'erreur de 4%, 19 fois sur 20 sur une population adulte.  (Les tests sur les adolescents commencent avec ce vaccin, nous n'en avons pas les données.)  

La réaction à la nouvelle de RTL a permis à certains de décrier la vaccination : Inefficace, à quoi ça sert de se faire vacciner si 40% des infectés sont vaccinés ? 

 

D'autres ont préféré jouer d'espérance :

Imaginons que le coronavirus soit hyper contagieux.  De ceux que l'on attrape rien qu'en y pensant, pire que la peste.  Comme si cela ne suffisait pas, ajoutons qu'une seule dose de vaccin soit l'équivalent de boire un verre d'eau.  On devrait alors s'attendre en étant pessimiste (en prenant la borne inférieure de l'intervalle de confiance, soit 90,3 %) à ce que 10% des vaccinés et tous les non-vaccinés contractent la COVID.

Sous ces hypothèses, le calcul est simple :

On prétend qu'en Israël 87% de la population adulte* aurait reçu les deux doses.  Donc si 10% des vaccinés et tous les non-vaccinés contractent le virus, on obtient 10%*87% + 13% = 21,7% de la population contaminée, et 8,7% / 21,7% = 40%.  Voilà donc la proportion à laquelle on devait s'attendre...

40% des contaminations touchent les personnes vaccinées !

Vous aimez les scandales : allons-y !

 

Dans un pays dont nous tairons le nom, 100% de la population est vaccinée.  Le virus entre et contamine quelques habitants.  On peut alors titrer :

 

Toutes les contaminations touchent des personnes vaccinées !

 

Le hic... 

Ouais, il y en a plusieurs hics.

D'abord, pour commencer doucement, les populations comparées.  

On a regardé la proportion d'adultes vaccinés.  Or les enfants et les adolescents sont aussi frappés par le virus et ils ne sont pas exclus lorsque l'on parle de contaminés.

En Israël, 59,37% de la population est vaccinée à deux doses.  Si on reprend toutes les autres hypothèses précédentes, on obtient alors une proportion attendue de 13% et non plus 40%.  Il y aurait donc une erreur.  Or, la seule valeur estimée dans nos calculs, c'est le taux d'efficacité du vaccin.  Déduisons-le !

 

Soit p ce taux et reprenons le calcul :

0,5937p  /  ( 0,5937p + 0,4063) = 0,40... ce qui nous donnerait un taux d'efficacité de 46% !!!

On est loin du 95 % annoncé par Pfizer...

 

De plus, en vrai, ce ne sont pas tous les non-vaccinés qui seront contaminés.  Quelle est la probabilité de contracter le virus ? Ça dépend, entre autres, de l'endroit où vous habitez et à quel moment ? On devine bien qu'il est bien moins risqué d'attraper ce vilain virus si vous vivez en ermite au milieu de nulle part en zone verte que si vous travaillez dans un hôpital mal ventilé d'une ville surpeuplée en zone rouge foncé en pénurie de masques et de gants.  C'est ce qu'on appelle le taux d'incidence.

 

 

 

x étant ici la proportion de personnes non-vaccinées contaminées, y la proportion de vaccinés contaminés pour obtenir une proportion de 40% de vaccinés parmi les contaminés.

Voilà de quoi nous convaincre de refuser la piqûre.

 

 

 Photo : Radio-Canada

 

Le vrai hic

On a tendance à croire que l'efficacité d'un vaccin correspond à la proportion de personnes vaccinées qui contracteront malgré tout la maladie.  Dans notre exemple, nous avons pris l'efficacité de Pfizer (90%) et nous avons conclu que 10% de la population vaccinée serait infectée.  Cela est vrai si tout le monde est contaminé, or, comme mentionné précédemment, ce n'est pas le cas.

Imaginons une population de 1 000 000 d'habitants.

Imaginons que le quart de la population est infectée par le virus.  On aura alors 250 000 contaminés.

Imaginons maintenant qu'avant l'arrivée du virus, toute la population est vaccinée avec un vaccin efficace à 90%.  Le virus entre et frappe le quart de la population (250 000 personnes vaccinées).  Eh bien, on peut s'attendre à ce que 10% seulement, soit 25000 personnes, soient infectées.

Vous préférez les pourcentages et le sensationnalisme ?

Imaginez un virus mortel.  Vous l'attrapez, vous mourrez. Kaput.  Gardons les mêmes chiffres.

Sans vaccin, c'est 25% de la population qu'il faut enterrer.

Avec vaccin, c'est 2,5% de la population qui part.

 

Et maintenant, que vais-je faire ?

Revenons à notre ermite...

Quelles sont les chances qu'il attrape le virus au milieu de nulle part dans sa zone verte ?

Devrait-il aller se faire vacciner ?

Quelles sont les chances qu'il subisse des effets secondaires au vaccin ?

Quels sont ces effets secondaires ? Sont-ils aussi graves que le virus ?

La combinaison des probabilités et du prix à payer des occurrences s'appelle le risque.  C'est l'évaluation des risques qui permet de prendre les meilleures décisions.

 

Alors, vaccin ou pas ?

Faites vos recherches ! Mais aux bonnes sources.

 

Photo : RTI

AstraZeneca contre le docteur Raoult

 2020 aurait été une magnifique année de la statistique.

D'abord, le début du confinement a permis de découvrir de nouveaux talents.  Parallèlement à la fabrication du pain maison et aux tartelettes portugaises, plusieurs se sont mis à compiler les données pour guetter la libération par l'aplatissement de la courbe.

 

On a vu souvent des merveilles de représentations graphiques dont celle-ci, virale à en croire Andrew D'Amours et voulant démontrer à quel point le Québec contrôlait bien la pandémie comparativement au Canada.  À ce compte, on aurait pu ajouter la courbe du pire CHSLD.  Avouez que vous la voyez bien ne jamais dépasser la courbe orange du Québec, n'est-ce pas ?

 

 Puis est arrivé la confusion... masques inutiles, masques obligatoires, la ministre McCann qui parle dans les premiers jours du confinement d'un médicament possible et peu onéreux, puis silence, on compte les personnes contaminées, hélas les décès, trop de décès.  Le virus fait sauter les digues les unes après les autres.  Cela est un tout autre sujet riche en réflexions, mais peu mathématique.

Les tests arrivent rapidement.  Les médicaments...  Les vaccins ont pris leur temps.

Qu'est-il arrivé à l'hydroxychloroquine ? Peut-on faire confiance à AstraZeneca ? Y a-t-il un vaccin meilleur que l'autre ?

Évidemment, je n'ai aucune compétence médicale.  Par contre, je sais que tout médicament, même le plus efficace, n'est pas efficace à 100 % et que la recherche, le développement et la mise en marché de tout médicament repose sur des analyses statistiques.

 

 

 Les tests randomisés en double aveugle sont monnaie courante en recherche médicale.  Cette vidéo présente la méthodologie mieux que je ne saurais le faire.  (Parce que, avouons-le, la pandémie aura transformé le corps enseignant en spécialistes de la réalisation et du montage de capsules vidéo.)

  

 

 

Une quinzaine de pays d'Europe ont suspendu par précaution l'utilisation du vaccin d'AstraZeneca avant de l'injecter de nouveau.  Au Québec, on se veut rassurant.  Suivant la tendance des ministres français et britannique, notre ministre de la Santé a lui aussi reçu cette semaine ce vaccin.  Certains ont mentionné que les problèmes auraient pu naître d'une "mauvaise batch".  Il faut tout de même savoir que le contrôle de la qualité des produits médicaux est, on s'en doute bien, réalisé de façon rigoureuse et méticuleuse.

Tout cela est bien rassurant, n'est-ce pas ? À moins que... à moins que votre bagage génétique ou votre état de santé ne correspondent à ceux des cobayes qui ont participé aux recherches...

 

 

Mathématiques contre le cancer

Mon amie Jocelyne est malade.

Je l'ai vue dimanche. Elle vient de sortir de l'hôpital où pendant presque deux semaines, elle a vomi tout ce qu'un petit corps comme le sien peut vomir. Après de la chimiothérapie de cheval, quand est arrivée la greffe de moelle osseuse, son corps en a eu assez.

Étonnamment, Jocelyne a deux cancers. Il est probable que le deuxième, celui qui lui fait des trous dans les os soit la conséquence de ses traitements contre le premier cancer, un Hodgkin découvert par hasard après une mésaventure de ski.

Évidemment, vous ne connaissez pas Jocelyne, mais son histoire vous rappelle sans doute celle de cet ami, de ce parent, de ce collègue, peut-être même votre histoire. Cette terrible maladie, celle-dont-il-ne-faut-pas-dire-le-nom, frappe fort.

D’après les taux d’incidence actuels, près de 40 % des Canadiennes et de 45 % des Canadiens seront atteints d’un cancer au cours de leur vie.

D'après les taux d'incidence actuels, c'est près d'un Canadien sur 2 qui sera atteint d'un cancer au cours de sa vie, un sur 4 en mourra.

Un ami statisticien qui travaillait sur la modélisation du cancer au Canada il y a plusieurs années me disait que le cancer était une maladie pour les personnes âgées. Ma meilleure amie qui est médecin spécialisé en soin palliatif me disait la semaine dernière qu'elle notait une nette augmentation des cas de cancer et elle avait l'impression qu'il attaquait de plus en plus de gens dans la fine fleur de l'âge. (C'est cependant une impression que les statistiques ne démontrent pas (encore).)






Source : Santé Canada

Évidemment, on fait de notre mieux pour soigner les gens, mais quand je vois une Jocelyne en pleine forme revenir démolie de ses traitements, je me demande si nous ne guérissons pas la maladie en tuant le malade.

C'est l'avancement de la science et la recherche qui ont mis fin aux saignées.
C'est l'avancement de la science et la recherche qui nous permettront de vaincre le cancer.

Le bon docteur Béliveau, chercheur au CHUM, a déjà trouvé quelques recettes qui font le tour du monde.

Et il y a le chercheur Peter Burns de l'Université de Toronto qui travaille à la modélisation des vaisseaux sanguins dans le but de déceler les amas cancéreux encore plus rapidement que ne peuvent le faire les meilleurs tomodensitomètres.

Son idée est la suivante.

Plutôt que de se fier à la vue des radiologistes, des médecins ou des biologistes pour déceler les tumeurs, pourquoi ne pas faire analyser les images par des ordinateurs pour mesurer l'irrégularité des structures.

Il s'est d'abord intéressé à la vasculature des tumeurs et il a pu démontrer à l'aide de la théorie des fractales que la dimension fractale de la vasculature des tumeurs cancéreuses du rein était supérieure à celle d'un rein sain.

D'autres chercheurs se sont intéressés à ses travaux, puisque les cellules cancéreuses sont nourries par les vaisseaux et ce sont eux qui apportent la médication. (C'est d'ailleurs ce qui explique pourquoi il est si difficile d'attaquer les cancers du cerveau, la nature n'y laissant pas passer n'importe quelles substances.) Certains ont trouvé que certaines molécules agissaient sur la formation des vaisseaux pour diminuer leur dimension fractale, donc les rendre plus réguliers, voire normaux.



Source : Nature medecine

Mais voilà qui nous amène tout un dilemme :

D'une part, avec un meilleur réseau sanguin, les médicaments deviendront plus efficaces et nous permettront, en étant plus ciblés, d'attaquer plus rapidement les cellules cancéreuses en minimisant les effets secondaires.

D'autre part, avec un meilleur réseau sanguin, les cellules cancéreuses recevront de façon plus efficace leurs nutriments et pourraient par conséquent se développer encore plus rapidement.

Car malheureusement, si les mathématiques ont réussi à faire l'analyse quantitative de la vasculature sous l'effet de certaines substances, la biologie a encore besoin de progresser pour développer des outils pour évaluer la qualité des vaisseaux, c'est-à-dire leur manière s'assurer le transport des molécules.

C'est pour cela qu'il est important d'aider la recherche.
Alors, je vous invite à donner, donner pour que Jocelyne soit gagnante, pour Benoit et pour celui-ci et celle-là que nous connaissons, pour la moitié des Canadiens et la moitié des Français qui recevront éventuellement le diagnostic et pour continuer le combat des autres que la maladie a emportés. Mon inscription au Relais servira à couvrir les frais d'administration et d'organisation de l'événement, les dons vont à la recherche. Considérant les statistiques, un don est pour ainsi dire un investissement pour soi...

Ébriété sans alcool

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Pour ne pas cogner des clous sur l'ennuyante 417 ce matin, j'écoutais Radio-Canada. Christiane Charette y recevait le pneumologue Pierre Mayer pour discuter des troubles du sommeil.

Parlons-en du sommeil !
Je connais la cause puisque je suis très cartésienne dans le dodo !

De santé fragile, René Descartes a eu toute sa vie le privilège de pouvoir vivre dans son fuseau horaire personnel, c'est-à-dire de sortir du lit à une heure décente soit jamais avant 11 heures. Hélas, il répond à l'invitation de Catherine de Suède qui l'oblige à lui donner des leçons à 5 heures du matin. Quel vice caché ! Dans le froid, l'obscurité du nord l'hiver, épuisé par le décalage horaire imposé, il y reste à peine 5 mois, attrape un vilain rhume qui se transforme en pneumonie et meurt.

Le manque de sommeil peut être mortel.

D'accord, rien pour vous convaincre, cette histoire s'est tout de même déroulé en 1650.

Mais aujourd'hui, en 2009, voici ce que Amélie Daoust-Boisvert publie dans Le Devoir :

En termes de coûts sociaux, l'insomnie pèse tellement lourd sur le Québec qu'elle compétitionne avec les frais de la principale cause de mortalité, le cancer. Encore plus étonnant, la perte de productivité au travail et la consommation d'alcool des insomniaques coûtent plus cher que leurs visites chez le médecin ou que la prise de médicaments.
Selon la plus récente étude du chercheur Charles Morin, du Centre de recherche Université Laval Robert-Giffard de Québec, les troubles du sommeil privent la province de 6,6 milliards de dollars par année en coûts directs et indirects.

En fait, ce que le docteur Mayer disait ce matin à la radio, c'est que s'il vous manque deux heures de sommeil, votre état se rapproche de l'ébriété. Je peux détailler, je connais la cause : réflexe lent, difficulté de concentration, fonctionnement automatique, impression de flou.

Quand j'ai des cours à 8 heures (chose qui m'arrive hélas trop souvent), comme alors je n'ai souvent que 3 ou 4 heures de sommeil dans le corps (ça, c'est de l'ébriété), il m'arrive d'entrer en classe et de faire le concours du "plus poqués". (Les étudiants vivent le même délai de phase que moi, mais dans leur cas, c'est normal !) Quand leur nombre est significatif, on ferme l'éclairage de la classe 30 secondes avant de commencer le cours. Le "Ahhhh..." de bonheur qui en résulte est immanquable. Essayez voir.

Or, le bon docteur Mayer le disait ce matin : le moment idéal pour donner des cours au secondaire devrait être entre 13 h et 19h.

Je seconde !

Bien sûr, chers lecteurs en phase avec votre fuseau horaire, vous trouverez que ça n'a pas d'allure, comme le criaient les parents des élèves de l'école de Berthierville. Mais pensons-y un peu...

Postulats :
De nos jours, rares sont les foyers où un des conjoints restent à la maison.

Les adolescents vivent un délai de phase naturel qui les portent à se lever tard et à se coucher tard.

Un parent préfère savoir que son ado dort à la maison que son ado s'occupe à faire pfffff... je-ne-sais-pas-trop-quoi-il-n'a-jamais-de-devoir.

Changements à apporter :

- Accorder 90 minutes de pause dîner aux parents d'ados.
- Horaire des écoles secondaires et de la première année de Cégep de 13 h à 19 h.

Déduction de bonheur :

Le parent travaille en matinée pendant que son ado dort.

Si possible, il rentre à la maison pour manger avec lui. (Pas de boîte à goûter à préparer !) puis l'amène à l'école en retournant travailler
ou
L'ado se prépare sa bouffe avec ce qu'il trouve dans la maison et non dans les distributrices de vieux sandwiches de l'école ou alors, il va rencontrer ses amis au café du coin avant d'aller à l'école.

Le parent rentre du travail, se détend un peu, puis prépare le souper.

L'ado rentre de l'école dans une maison chaleureuse avec un parent qui l'attend et un bon repas.

Le temps de faire les devoirs (si devoir il y a, mais il devrait y avoir !) avant que le parent aille au lit, l'ado pouvant se lever tard, il pourra ensuite trainer... en faisant ce qu'il fait maintenant de toute façon... sauf que là, le parent n'est plus obligé de lui crier après pour qu'il aille se coucher, il pourra dormir ce qu'il a à dormir ! Et puis, compte tenu que les ados ont besoin de plus d'heures de sommeil (en moyenne 10 heures par nuit), en supposant qu'il se lève à 10 heures le matin, ça l'amène au lit à minuit... (ce que moi j'appelle se coucher tôt).


Enfin, c'est une proposition !

Sur ce, il est une heure du matin et je dois être en classe tout à l'heure à 8 heures. Le retour de l'état d'ébriété matinal (sans alcool). Car je n'ai aucun trouble du sommeil, j'ai des troubles du réveil !

Ah Descartes, dans mon pays de froid et de neige, veux-tu bien me dire pourquoi la direction de mon Cégep se prend pour Catherine de Suède ?